La première scène du premier épisode de Gundam 00 se déroule au Kurdistan en A.D.2301, dans le pays d'origine de Setsuna qui est en pleine guerre. Celle-ci oppose le groupe auquel Setsuna (qui est encore très jeune à ce moment-là) appartient à un groupe armée de machines luttant pour un soi-disant "Dieu".
A.D.2307, quelques années plus tard, dans une base de l'AEU, nous assistons à une démonstration de la nouvelle machîne développée pour l'AEU, l'Enact, qui semble être très performante. Mais c'est alors que le Exia descend du ciel, ce qui provoque la panique au sein de la base. Le pilote de l'Enact engage un combat avec l'Exia, mais ne fait absolument pas le poids face à lui.
Par la suite, nous découvrons alors le Ptolemaios, le vaisseau de transport du Celestial Being, et leur équipage qui révèle qu'il s'agit de la première apparition de Celestial Being sur la scène internationale. Nous y faisons ensuite la découverte du Kyrios et de son pilote, Hallelujah Haptism.
Nous revenons ensuite sur Terre où le combat a commencé, l'Exia affronte plusieurs Mobile Suits, et c'est alors que l'on fait la connaissance de Lockon Stratos, pilote du Gundam Dynames, spécialiste du tir à longue portée.
Dans l'espace se déroule une soirée dans le Pilier du Ciel (Heaven Pillar), qui regroupe de hauts dirigeants des 3 grandes alliances sur Terre. Tout se déroule bien jusqu'au moment où des terroristes font leur apparition, leur but étant de détruire l'endroit où se trouve tous les convives de la soirée, c'est à ce moment précis que le Kyrios et Tieria Erde à l'aide de son Gundam Virtue interviennent afin d'arrêter l'attaque terroriste.
A l'heure des journaux, une vidéo du fondateur de Celestial Being est diffusée, celle-ci rélève que Celestial Being est un groupe paramilitaire qui n'agit pas pour faire des profits et que leur objectif est d'éradiquer la guerre sur Terre, et pour se faire, ils emploieront la force contre n'importe quel pays, organisation ou autre déclanchant une guerre. Il s'agit donc d'une annonce qui va révolutionner le monde dans lequel de nombreux conflits ont lieu.
L'introduction de l'épisode nous explique quels sont les importants facteurs du monde en A.D.2307 (voir Introduction), tel que le système d'énergie solaire ou les différentes alliances existantes.
On peut constater dans cet épisode que l'annonce faite par Celestial Being sème le trouble à travers le monde. Dans le même temps, le groupe lance sa seconde mission, ils interviennent donc de force au Sri Lanka, sur le territoire du HRL. Le combat se termine très rapidement, les Gundams Meisters éliminant tous les participants de la guerre qui a eu lieu. Par la suite, le Exia affronte le Flag du Colonel Graham (qui apparatient à l'Union), et l'on apprend que le fondateur de Celestial Being, Aeolia Schenberg est mort il y a 200 ans...
Le combat qui a débuté à l'épisode précédent fait rage, finalement, Setsuna et son Exia l'emporte et Graham s'enfuit mais emporte avec lui de précieuses données concernant le Gundam. Par la suite, nous pouvons encore constater que Celestial Being a encore semé le trouble dans le monde entier, mais également la mise en place de "cellules anti-Gundam" au sein de l'Union et de l'HRL, HRL que Celestial Being affronte dans sa nouvelle mission qui est un succès. Après cette nouvelle intervention, les journaux révèlent qu'une crise en Irlande longue de 400 ans vient de prendre fin, d'où le titre de l'épisode "un monde en changement", ceci étant lié aux interventions de Celestial Being.
La dernière intervention de Celestial Being a encore fait des remous, notamment sur le fait qu'ils utilisent la force pour arrêter les conflits. Pendant ce temps, de nombreux changements ont lieu dans les armées de l'Union et de l'HRL qui ont pour but de contrer la menace Gundam; et le pays de Talibie (Talibia) se rebelle et annonce qu'il se retire de l'Union et demande l'accès à l'énergie solaire, ceci dans le but que Celestial Being leur viennent en aide en cas d'attaque de l'Union. Et comme prévu, Celestial Being intervient en Talibie et attaque l'armée de Talibie, car selon la déclaration du fondateur de Celestial Being, tout pays incitant la guerre est considéré comme une cible lors d'une intervention armée. C'est alors que la Talibie demande de l'aide à l'Union, et réintègre donc l'Union afin de se protéger.
Dans cet épisode, Saji et Louise, deux des personnages secondaires de Gundam 00 font un voyage dans l'espace afin d'étudier le système d'énergie solaire, dans le même temps, nous en apprenons plus sur le Lieutenant Soma Peries, l'atout de l'HRL contre les Gundams, celle-ci, en plein test de sa nouvelle unité tire sur la station orbitale où se trouve Saji et Louise, mais également Hallelujah qui doit revenir sur le vaisseau Ptolemaios. C'est alors que se produit un phénomème étrange liant le Lieutenant et Hallelujah, il semble qu'ils puissent pénétrer dans l'esprit de l'un et l'autre, c'est pourquoi le Lieutenant tire sur la station orbitale afin de tuer Hallelujah et arrêter la douleur que le phénomène entraîne. Cependant, elle ne détruit pas la station, mais cela a suffit pour en détacher une partie. Ainsi, le Colonel Smirnoff tente un sauvetage tout seul (le Lieutenant Soma s'étant évanouie), mais c'est seulement grâce à l'aide des Gundams qu'il parvient à empêcher une catastrophe.
Au début de cet épisode, nous faisons la connaissance d'Ali Al-Serges, un mercenaire qui aura une grande importance par la suite. Au même moment, nous apprenons que des hauts dirigeants de l'AEU vont rencontrer le Président de Moralie, ce qui constitue un défi direct à Celestial Being; mais nous en apprenons également un peu plus sur l'état du Lieutenant Soma.
Celestial Being accepte par la suite le défi qu'a lancé l'AEU et la Moralie, ils mènent donc une nouvelle offensive en Moralie, tout se déroule comme prévu jusqu'au moment où le Exia affronte l'unité d'Ali Al-Serges, une ancienne connaissance de Setsuna au Kurdistan...
A.D.2299, Kurdistan, on peut y voir Setsuna qui est très jeune (8 ans à ce moment-là) avec Ali Al-Serges, ce dernier lutte pour sa religion et fait de jeunes Kurdes ses soldats, parmi eux se trouve Setsuna.
Dans la suite du combat entre Al-Serges et Setsuna, celui-ci éprouve de très grandes difficultés à combattre celui qui fut son maître, c'est seulement grâce aux capacités du Exia que Setsuna s'en sort une fois de plus, ensuite Setsuna demande à Al-Serges de sortir de son cockpit, les deux sortent, et Setsuna dégaine son arme pour essayer de tuer Al-Serges mais ne tire pas, le Dynames intervient et Al-Serges s'enfuit. Après cela, la mission continue et se finit par un succès (les Moraliens s'étant rendus) malgré les ennuis qu'a causé Setsuna. Cette offensive entraîne plus de 500 victimes, des victimes civiles et des dégâts sur les villes des alentours et donc cela sème une fois encore le trouble, donnant une image négative à Celestial Being.
L'épisode se termine sur des explosions terroristes à l'encontre de ce que fait Celestial Being et l'annonce d'une nouvelle mission pour les Gundams Meisters.
Nous apprenons dès les premières minutes de cet épisode que ces explosions sont liés à un réseau terroriste international, La Edenra. Cela rappelle à Lockon ses souvenirs, nous pouvons déduire qu'il déteste au plus haut point le terrorisme.
A la recherche de la source de La Edenra, nos protagonistes s'établissent sur un bateau en attendant des informations des agents de Celestial Being, cependant, ils n'ont d'autre choix que d'attendre, c'est donc la raison pour laquelle les Gundams sont dispatchés aux 4 coins du globe afin d'attaquer leurs différentes bases avant qu'ils ne changent de base.
Par la suite, Setsuna tente d'arrêter les auteurs d'un nouvel attentat, mais échoue, cependant, il rencontre Marina Ismail, la dirigeante du pays d'Azadistan, il s'en suit une discussion, et c'est à la fin de celle-ci qu'il révèle qu'il est un Gundam Meister et qu'il est possible qu'ils viennent en Azadistan par la suite. Au même moment, Celestial Being apprend la position des différentes bases et décide de les attaquer, malgré la destruction de ces bases la lutte contre La Edenra n'est pas terminée...
Dans la première scène de l'épisode 9, on peut voir que Lockon se trouve dans un cimetière pour y mettre des fleurs, c'est alors qu'on voit que quelqu'un est déjà passé, et il se trouve que cette personne est un jumeau de Lockon. Sur Terre, un sommet a lieu entre les Nations Unies et Azadistan (représentée par Marina Ismail), ces premiers offrant leur aide à l'Azadistan. Mais le fait marquant de cet épisode est la mission que l'HRL organise, menée par le Colonel Smirnoff, son objectif étant la capture d'un Gundam. Le Colonel utilise une stratégie très efficace qui piège le vaisseau Ptolemaios, et qui disperse les Gundams pour une plus grande facilité d'intervention. L'épisode se termine sur une position très délicate à gérer pour Celestial Being et sur une nouvelle rencontre entre Hallelujah et le Lieutenant Peiris...
Cet épisode est dans la continuité du combat engagé dans l'épisode 9 qui oppose Celestial Being à l'HRL, et c'est à cause du mal de tête que Hallelujah a à chaque rencontrer avec le Lieutenant Peiris qu'il s'évanoui entraînant la capture du Kyrios. Après ceci, nous passons au combat confrontant le Virtue et le groupe de l'HRL, et c'est durant ce combat âpre que Tieria, en position de difficulté, utilise la deuxième forme de son Gundam, le Nadleeh, et arrive à s'en sortir indemne physiquement, mais pas mentalement. En effet, Tieria semble avoir des troubles de la personnalité.
Pendant ce temps, l'autre personnalité de Hallelujah fait surface, et au contraire de celui qu'on connait, il est sans pitié, cruel et n'a pas peur de tuer.
Une question se pose après tout cela : les Gundams Meisters sont-ils "imparfaits" ?
Cette victoire mitigée de Celestial Being sème le trouble dans les esprits de nos protagonistes, ils semblent tous confus, tandis que la situation entre l'Union et l'HRL s'améliore, en effet, les deux alliances vont mener des pourparlers afin de mieux combattre Celestial Being. Dans le même temps, les discussions entre les Nations Unies et Azadistan avancent.
Après coup, nous découvrons le passé d'Hallelujah, passé qu'il décide de révèler à Sumeragi afin de mener une attaque contre le centre menant des expériences sur des enfants tel que Hallelujah. Ainsi, Celestial Being attaque Qianqiu, une des colonies de l'HRL, pour mener à bien leur mission, celle-ci se termine par la destruction du bâtiment recherché contre le gré d'Hallelujah qui a tiré à cause de son double intérieur.
Cet épisode concerne la condition actuelle de l'Azadistan, partagée entre les conservateurs et les réformistes, la situation de ce pays est très délicate sur tous les points (notamment au niveau de la religion) alors que le pays est déjà en crise, malgré les accords passés avec les Nations Unies, Marina Ismail ne semble plus avoir d'impact sur l'opinion publique tellement la situation est tendue.
Par la suite, Celestial Being intervient en Azadistan après l'attaque d'antennes solaires, prémice d'un Coup d'Etat qui se préparait depuis quelques temps avec notamment le kidnapping de Massoud Rahkmadi, homme très influent en Azadistan. Notons que cette situation est très similaire à celle du Kurdistan il y a quelques années. En conclusion, Celestial Being réprime l'attaque armée, et l'Azadistan reçoit l'aide de l'ONU afin de défendre la capitale.
Dans l'introduction de l'épisode 14, on peut voir les dégâts occasionnés par le coup d'Etat et l'intervention de Celestial Being qui a suivi. La crise ne semble pas vouloir se calmer, il est donc nécessaire que le leader religieux, Massoud Rahkmadi, soit de retour.
Au cours d'un dialogue avec Wang Liu Ming de Celestial Being, Lockon explique le pourquoi de cette guerre civile (notamment le fait qu'une organisation agirait dans l'ombre). Dans le même temps, Setsuna rencontre par hasard Graham lors d'une investigation et Marina Ismail échappe de peu à un assassinat.
Celestial Being obtient par la suite les informations concernant l'endroit où serait retenu Massoud Rahkmadi; lors de leur intervention Setsuna combat une nouvelle fois Al-Serges, après un combat acharné Setsuna parvient à l'emporter. Au même moment, Lockon accompagné de Hong Long, le garde du corps de Wang Liu Ming, réussit à récupérer Rahkmadi.
Le lendemain, Celestial Being fait encore une nouvelle apparition, cette fois-ci très risquée.
En effet, le Exia - non-armé - va déposer Rahkmadi au palais royal afin de leur montrer leur volonté de paix au monde. Malgré la situation délicate et tendue, Setsuna réussit cette mission, même si ce fut laborieux. Ainsi, avec le retour de Rahkmadi, les attaques terroristes ont cessé, même si l'identité de l'organisation reste inconnue...
L'épisode commence avec la réunion des hauts dirigeants des 3 Alliances (Union, AEU et HRL) qui concerne la plan anti-Gundams, ce qui n'avait pas eu lieu depuis un sommet sur l'énergie solaire.
Durant ce temps, du côté de Celestial Being, Allelujah et le Ptolemaios se trouvent dans l'espace, près d'une colonie de l'Union, tandis que son équipage se prélasse dans une des résidences de Wong Liu Ming. En ce qui concerne les alliances, tout le monde s'active et mobilise des troupes afin de capturer les Gundams dans un but précis : gouverner le monde. Au sein de l'Union, on nous révèle ainsi que le nom officiel du groupe anti-Gundam s'appelle "Overflags" avec uniquement des Flags customisés.
Par ailleurs, les prévisions de Sumeragi et de Veda(Vader) prévoient que l'affrontement entre les Gundams et les 3 Alliances aura lieu dans un désert au nord-ouest de la Chine, en raison d'une possible attaque terroriste sur une usine de traitement d'uranium que Celestial Being doit absolument empêcher afin d'éviter une catastrophe à l'échelle mondiale en sachant pertinemment qu'il s'agit d'un piège.
Au moment du déploiement des Gundams, Setsuna se rend au chevet de Marina Ismail pour la questionner à propos de leur monde. Au même moment, Al-Serges reçoit une nouvelle unité, "l'Aggresor", de la part de l'AEU afin de mener une mission secrète durant l'affrontement contre les Gundams.
Le début de l'épisode nous montre les préparatifs des différentes alliances avant l'affrontement contre les Gundams, et les chiffres parlent d'eux-mêmes : 52 escadrons, soit 832 Mobile Suits vont participer au combat. Comme prévu, l'attaque terroriste sur l'usine de traitement d'uranium était un piège préparé par l'HRL, leur objectif étant de capturer au moins 2 Gundams.
L'opération anti-Gundams débute donc lorsque le Dynames et le Kyrios arrêtent l'attaque terroriste; au moment de leur fuite, un très grand nombre de Mobile Suits les attaquent et les bombardent de missiles de loin afin les empêchant de s'échapper. Alors que le Exia et le Virtue leur viennent en aide, ils se retrouvent rapidement dans la même position que les deux premiers. Dans le même temps, le Lieutenant Peiris retrouve une nouvelle fois Allelujah, ce qui aura pour effet de réveiller le double de celui-ci.
Quinze heures plus tard, l'attaque des alliances n'est toujours pas terminée, ils continuent sans cesse de bombarder les Gundams qui en sont à leurs limites, c'est à ce moment que les assaillants décident de capturer leur proie : le Virtue se fait capturer par l'AEU; le Kyrios par l'HRL et le Dynames par l'Union. Quant à l'Exia, il doit faire face à l'Aggresor qui le capture rapidement jusqu'au moment où un nouveau Gundam fait son apparition dans le ciel...
Au moment où il n'y avait plus d'espoir, les Gundams Meisters semblaient être tous capturés: lorsqu'un Gundam rouge apparait dans le ciel pour sauver Setsuna. La pilote du Gundam Throne Drei se présente à Setsuna sous le nom de Nena Trinity. L'équipe d' Hélions de l'AEU transportant le Gundam Virtue est attaquée à distance par un Gundam de couleur grise : le Gundam Throne Eins. Pendant ce temps, les "fangs"(sorte de Dragon system) du Gundam Throne Zwei de Micheal Trinity font un carnage parmi les troupes de la HRL qui portent le Kyrios. Les Flags customisés sont attaqués par Yohan Trinity qui délivre le Gundam Dynames. Pour s'échapper le Gundam Throne Drei relache le "Steath Field": un nuage en forme d'ailes d'ange qui couvre le champ de bataille de GN particules rouges: tous les Gundams disparaissent alors des radars et les communications sont coupées.
A l'annonce de la réussite de la mission, Sumeragi semble être étonnée car elle avait prévu le contraire. Le monde est étonné par l'arrivée de ces nouveaux protagonistes: Il n'y en a même pas mention dans les données de Veda. L'observateur des Celestial Being Alexandro Corner discute des réussites et échecs de l'équipe de Sumeragi; pour ensuite proposer à ce conseil secret de reconnaitre les nouveaux Gundam Thrones comme partie intégrant de l'organisation Celestial Being. Le conseil accepte et les pilotes de Gundams Thrones et les Gundam Meisters tente de se rejoindre dans l'espace afin de faire connaissance.
L'épisode commence par un flashback de 80 ans en arrière. Dans un astronef en orbite autour de Jupiter, des astronautes cherchent des données perdues . Ils trouvent un Haro Bleu foncé aux yeux rouges qui semblent contenir ces précieuses informations.
De retour dans le présent, Les Gundam Meisters s'interrogent sur les capacités et la provenance inconnue de ces nouveaux Gundams. Attendant les pilotes des Gundams Throne au point de rendez vous dans l'espace, Sumeragi est prudente et demande à Felt de scanner le vaisseau approchant: il y a effectivement 4 fours solaires GN à bord. Le Gundam Exia est en standby en voyant le Gundam Throne Eins approcher avec Nena et Michael Trinity dans ses bras.
Arrivés à bord, la famille Trinity se présente; Nena tombe amoureuse de Setsuna et tente de l'embrasser. Mais ce dernier la repousse violement et Micheal perd son sang froid en sortant son couteau. Le Haro de Lockon Stratos reconnait le Haro bleu des Gundam Thrones en l'appelant grand-frère mais le Haro est violent et lui assène un coup de tête en lui disant d'aller crever.
Lors de l'entretien entre les deux équipes, les nouveaux pilotes ne rélèvent aucune information et Michael n'arrête pas de provoquer verbalement les hôtes. Ils assurent néanmoins que leur but est d'arrêter les guerres sur Terre. Parti énervé de la réunion, Tieria Erde s'aperçoit que Nena Trinity a utilisé son ordinateur connecté aux données de Veda. Finalement, les nouveau pilotes quittent le vaisseau et le mécanicien de l'équipe de Sumeragi informe les autres qu'il a récolté discrètement des données techniques sur les Gundam Thrones.
Au Japon, Louise doit aller en Espagne pour le marriage de son cousin et fait promettre à Saji de ne pas la tromper. Les Flags Fighters ont perdu trois des leurs, quand ils partent pour défendre la base de l'Union dédiée à la recherche en armement (MSWAD). Le professeur Aifman de l'Union comprend que la construction des Gundams est liée à la mission habitée vers Jupiter, la vraie nature des GN particules et aux projets de Aeolia Schenberg. Pourtant il n'aura pas le temps de divulger la vérité car les trois Gundams Thrones attaquent la base. Le Mega Launcher, une combinaison du Gundam Throne Eins et Gundam Throne Drei, rase littéralement toute la base avec un rayon laser rouge surpuissant. Howard Mason se bat au corps à corps avec Michael Trinity du Gundam Throne Zwei mais les "fangs" du Gundam transpercent de toute part son Flag, il meurt sur le coup.
Sur un rythme effrenné, les Gundam Thrones continuent sans pitié leurs attaques sur les bases militaires des trois principales alliances terrestres. Après avoir observé les sept premières missions des Gundam Throne, l'équipe des premiers Gundams Meisters ne savent pas quelle statégie adopter, les principales alliances elles aussi sont déroutées et mises au pied du mur.
Même les observateurs de Celestial Being ne savent rien sur la famille Trinity. En accord avec le technicien de Sumeragi, ces nouvelles machines sont des copies imparfaites de Gundams car la structure du moteur GN est différent. Les doutes sur la présence d'un traitre dans l'organisation commencent à émerger. Par la même occassion, Tieria Erde découvre qu'une partie du système quantique d'information Veda de Celestial Being lui est maintenant interdite, la probabilité que le système ait été piraté augementent. La mission de trouver des informations sur la famille est alors confiée à Wang Lui Mei .
Graman se recueille sur la tombe de son camarade Howard Mason, tué dans son Flag par l'un des Gundam Throne: Il fait la promesse d'utiliser son Flag pour détruire les Gundams.
En Afrique du Sud, un soldat raconte à une journaliste qu'il a aperçu la pilote du Gundam Throne et que c'est une jeune fille qui le pilote. Après avoir vendu ces informations, il est tué quelques instants plus tard dans une ruelle sombre.
Dans un magnifique château d'espagne, Louise Halevy et toute sa famille fêtent le marriage de son cousin. Cependant, Les Gundams Thrones passent par ici pour réaliser leur prochaine mission; quand Nena Trinty sadique et jalouse de la fête tire deux fois sur les invités. Tout le monde est tué par les explosions ,sauf Louise laissée pour morte sous un bloc de béton. Sumeragi et ses partenaires s'insurgent de cette attaque gratuite sur les civils. Saji n'arrive pas à contacter sa copine; assez vite il apprend qu'elle est hospitalisée en Espagne après une attaque.
Dans une base américaine, Graham retrouve Katagiri son mécanicien et ami: ce dernier lui explique le professeur a été tué pour ses découvertes. Les Gundams Throne attaquent les civils de l'entreprise Iris et le Flag Graham énervé arrive à couper un bras au Gundam Throne Eins.
Saji part à l'hopital de Barcelone pour voir Louise: il la retrouve assise dans son lit d'hopital puis lui offre la magnifique bague qu'elle avait demandé. Mais à sa grande tristesse,elle ne peut pas porter la bague car l'attaque lui a couté son bras gauche et toute sa famille: Louise et Saji fondent en larmes.
Excédé par les agissements des Gundam Thrones envers les civils, Setsuna s'attaque seul à eux.
Dès le début de l'épisode, Setsuna F Seiei dans son Gundam Exia tente de trancher les trois Gundam Thrones. Devant la détermination du Gundam Exia, Micheal Trinity et Yohan Trinity ripostent et subitement le Gundam Virtue de Tieria Erde arrive pour prêter main forte à son compagnon. Ce combat entre Gundams semble avoir été prévu par Alejandro qui esquisse un sourire. Pour équilibrer les forces en présence, le Exia et le Virtue enchainent les formations et Tieria utilise le mode Trial de son Nadleeh: les Gundam Thones Eins et Drei sont désactivés et tombent sous leur poids. Mais le système Veda semble avoir été hacké car le système prend fin prématurement. Quand Lockon Stratos arrive en renfort, les Gundams Thrones sonnent leur retraite après quelques révélations: Neil Dylandy (alias Lockon Stratos) entend de la bouche de Michael Trinity que Setsuna faisait partie de l'organisation terroriste qui est à l'origine de la mort de ses parents.
Pendant ce temps, les grandes alliances sont contactées discrètement par un membre de Celestial Being. Et Louise Halevy dans son lit d'hôpital fait promettre à Saji de rentrer au Japon pour réaliser leur rêve commun: travailler dans l'espace.
De retour sur l'île des Celestial Being, Lockon et Setsuna s'expliquent violemment sur l'appartenance de Setsuna (Soran Ibrahim) à l'organisation terroriste KPSA. Lucide, Lockon Stratos laisse la vie sauve à son compagnon après s'être convainçu que Setsuna a changé pour devenir un Gundam Meister et que leur ennemi commun n'est d'autre que Ali Al Serges de la PMC Trust.
Pendant ce temps, en Antarctique, les responsables militaires de l'Union, AEU et HRL découvrent surpris une base secrète regorgeant de nouvelles armes.
Saji quitte l'Espagne en repensant aux moments heureux passés avec Louise, mais dans son coeur réside une tristesse sans fond. A New York, les alliances AEU, Union, HRL annoncent en grande pompe leur alliance militaire aux Nations Unies. Leur but avoué est de s'unir contre Celestial Being; Sumeragi (stratège des Celestial Being) demande donc à tous les Gundams Meisters de revenir sur le vaisseau. Les soldats de l'Union comme ceux de l'AEU et HRL découvent que 10 Gundams GN-X dotés des moteurs GN de Celestial Being sont donnés par un membre de Celestial Being. Le choix des pilotes de GN-X est effectué parmi les élites des alliances. Ali Al Serges négocie avec Laguna Harvey (l'industriel derrière les trains linéaires des ascenseurs spaciaux) pour avoir le droit de piloter les nouveaux Gundams. Kinue Crossroad , la journaliste de JNN News, est prise en stop par Ali Al Serges qui lui révèle la teneur de son entretien avec le directeur des "Linear Train" et même qu'il est un mercenaire dangereux et belliqueux. Saji Crossroad de retour à la maison ne voit pas sa soeur, et pour cause elle a été agressée par Ali Al Serges et laissée pour morte dans une rue sombre et humide.
Alejandro Corner et Livonze Almark s'acheminent vers la Lune dans le but de mettre la main sur le cerveau informatique du système Veda. Wang Lui Ming et son partenaire pénètrent dans la cache des Trinity de façon surprenante pour proposer leur soutien. A Canton (Chine), une base de la HRL est attaquée par les Gundam Trinity. Cependant, ils découvent avec stupeur une formation de 10 Gundam GN-X possédant les mêmes capacités que leurs machines. Mis à mal, les pilotes des Gundam Thrones préfèrent prendre la fuite. La HRL célèbre pour la première fois une victoire sur les Gundams.
L'introduction des nouvelles unités Gundam GN X ouvrent l'ère du combat entre des unités de type Mobile Suit Gundam.
Lasse revient sur le vaisseau avec le GN Arms pendant que le docteur Moreno soigne Lockon et lui prescrit trois mois de repos. Les militaires de l'Union annoncent au public l'opération "Fallen Angels" qui est destinée à annihiler les Gundams de Celestial Being avec des Gundams GN-X des Nations Unies. Le Gundam Dynames est lourdement endommagé et Tieria Erde se sent coupable de la blessure de Lockon. Lockon rassure Tieria et lui demande de se battre avec ses sentiments pour finir la guerre dans le monde. Les Trinity essayent de fuir quand 9 Gundam GN-X attaquent les trois Gundam Thrones. En utilisant un nuage de fumée, les trois Gundams Thrones parviennent à fuir. Lasse et Setsuna F Seiei se dirigent vers la Terre pour participer au conflit. Les Thrones se retrouvent sur une île deserte quand le Enact de Ali Al Sarshes apparait. Sortant de son unité, il tue Michael Trinity puis ordonne à Yohann Trinity de se battre avec lui. A la surprise générale, ce mercenaire pilote le Gundam Throne Zwei: il détruit le Gundam Throne Eins avant de se battre contre le Exia. Pendant ce temps sur la Lune, Alexandro Corner tire sur le corps frigorifié de Aeolia Schenberg ce qui déclanche un piège. Le Exia se déplace d'un coup à une vitesse incroyable poussant le Gundam Throne Zwei à fuir. Les vrais Gundams sont maintenant capables d'utiliser les moteurs GN Drives au maximum de leurs possibilités. Cette nouvelle capacité est nommée Trans-Am.
Alexandro et Livonze découvent la nouvelle capacité Trans-Am des vrais GN Drives. Dans le groupe de météorites Lagrange 1, Le vaisseau de Celestial Being se ravitaille et dans sa salle de réunion les Gundam Meisters apprennent de Setsuna F Seiei que l'armée des Nations Unies s'apprête à les attaquer et que Ali Al Sarshes a capturé le Gundam Throne Zwei. Les transports de l'Union amènent 26 Gundam GN-X au combat sous le commandement du Sergeant Sminoff. Le Gundam Kyrios élimine plusieurs ennemis avec son nouvel équipement le Tail Booster. Le Gundam Throne Zwei attaque le Gundam Virtue avec ses "Fangs". On assiste à un duel entre Soma Pieres et Hallelujah Haptism quand Lockon Stratos quitte le vaisseau pour aider ses amis. En effet, le Kyrios et Virtue utilisent le mode Trans-Am pour s'en sortir. Utilisant le Gundam Dynames équipé du GN Armor, ce dernier fait place nette sur le champ de bataille et s'attaque aux transporteurs ennemis. Lockon Stratos détruit deux vaisseaux avant de se battre avec le Gundam Throne Zwei dans un combat à mort. Setsuna tente de rejoindre le champ de bataille en utilisant le mode Trans-am. Ali Al Sarshes s'aperçoit que Lockon ne perçoit pas les attaques du côté gauche: il endommage gravement le Dynames. Lockon sort dans l'espace pour brancher son sniper numérique sur un des canons du GN Armor: Le Gundam Throne Zwei s'en aperçoit et tous deux tirent s'explosant réciproquement. Comtemplant la Terre pour la dernière fois, Lockon Stratos disparaît dans l'explosion. Le Gundam Dynames revient avec Haro seul à bord du vaisseau en criant Lockon! Lockon! L'équipage en deuil ne peut s'empêcher de laisser couler leurs larmes.
Suite à la disparition de Lockon Stratos, l'équipage en deuil exprime sa douleur. Setsuna se souvient qu'il y a deux ans de cela, il a été présenté aux autres Gundam Meisters par Sumeragi. L'âge du nouveau pilote du GN-001 Exia a étonné, Lockon à l'inverse a chaleuresement accueilli Setsuna.
Tieria s'enerve et accuse Setsuna de la perte de Lockon. Pendant ce temps, l'ennemi discute de la marche à suivre: ils leur reste plus que 11 Gundam GN-X. Cependant ils attendent les renforts des Nations Unies. Le Gundam Virtue est endommagé donc le mécanicien de Celestial Being propose de se battre avec le Gundam Nadleeh. En regardant la vidéo du combat de Lockon, Setsuna se rend compte que ce dernier se battait contre Ali Al Sarshes. Felt Grace pose une lettre et le Haro dans le Dynames, à ce moment l'Alvatore de Alexandro Corner fait feu sur le Ptolemaios. Le vaisseau est gravement endommagé sur le flanc et le Gundam Nadleeh et Gundam Kyrios entrent dans le combat. Le GN Field de l'Alvatore resiste à toutes les attaques du GN Arms. Le nouveau vaisseau doré muni de 7 faux GN Drive tire sur le Plotemaios et lui impose des dommages très importants ainsi qu'au Kyrios à proximité. Le Nadleeh utilise enfin le Trans-Am et élimine 5 Gundam GN-X avant d'errer dans l'espace. Sumeragi, Ian et Felt utilisent les armes du contenaire GN Arms du Ptolemaios pour abattre un Gundam GN-X en approche. Malheuresement, le Gundam GN-X détruit le poste de pilotage du vaisseau. Chris et Lichty qui sont en train de mourir discutent avec la partie de l'équipage en sécurité et Chris leur demande en dernière volonté de changer ce monde. Felt ne peut retenir ses larmes. Lasse et Setsuna sont toujours aux prises avec l'Alvatore de Alexandro Corner. Lasse essaie de défoncer le vaisseaux ennemi, le vaisseau attrape le GN Arms et commence à le pincer.
Le Exia appuyé par le GN Arms de Lasse se bat contre l'Alvatore doré de Alexandro Corner. Lasse s'éjecte dans le GN Armor en laissant exploser le GN Arms pour blesser l'ennemi. Allelujah Haptism passe en mode super-soldat à la fois instinctif et intelligent, il attaque efficacement Soma Pieries et le Sergent Smirnoff. Pour contrer les "Fangs" de l'Alvatore, Exia s'allie avec Lasse pour former le Gundam Exia GN Armor; parties par parties Setsuna F Seiei utilise le GN Sword pour découper et détruire l'Alvatore. Cependant, Lasse semble y avoir laissé sa vie dans l'explosion de son GN Armor. Allelujah montre la puissance de la combinaison de ses deux personnalités couplée avec le système Trans-Am. Cependant, Allelujah découvre que son ennemie est en fait Marie, une personne qu'il connait.
A la grande surprise de Setsuna, Alexandro Corner réapparait dans un Gundam doré caché dans l'Alvatore avec la vocation de prendre la tête du monde en éliminant l'Exia. Setsuna plus déterminé que jamais se rappelle du conseil de Lockon Strtos: il utilise alors le système Trans-am et le grand GN Sword pour détruire le GN Field du Gundam d'Alexandro Corner et faire exploser son armure mobile.
Sans même qu'il ait le temps de respirer, le GN Flag de Graham attaque l'Exia avec un sabre laser rouge pour venger ses compagnons d'armes morts tués par des Gundams. Avec une combativité égale et un engagement total, Graham et Setsuna se livrent un combat à mort: ils font jeu égal en se blessant pour finalement se détruire mutuellement.
Dans ce qui reste du Nadleeh, Tieria Erde éjecte son GN Drive et semble perdre tout espoir d'être secouru à temps. Hallelujah fait ses adieux à son double et reste choqué par la découverte que Marie était en fait Soma Pieries.Marina Ismail lit le testament de Setsuna, il y fait part de son incompréhension du monde et demande à Maria Ismail d'essayer de trouver la solution pour que les hommes vivent en harmonie.
4 ans plus tard, Saji Crossroad travaille comme ouvrier sur une colonie spaciale. Il aperçoit à nouveau dans l'espace la lumière des GN particules des Gundams de Celestial Being. La fédération terrienne fête aux Nations Unies son premier anniversaire: le monde ne possède plus qu'une armée de gardiens de la paix. Livonze prépare en secret un plan avec son équipe d'innovators.
Wang Liu Ming et Hong Long rendent visite au centre de Celestial Being, ils y voient le 0 Gundam, le premier des GN Gundams. La saison de Gundam 00 termine sur la promesse qu'une unité va changer le monde: le Gundam GN 00 Gundam.
